Saison 4

11 mai 1959. Une scène montre Bishop et Wolverine affrontent Nimrod; Xavier marche et sort pendant le combat.En 2055, Forge envoie Bishop et Shard dans le temps. Dans le présent, Xavier, Wolverine et Tornade sont dans le jardin, quand un événement fait disparaître Xavier et place Wolverine et Tornade dans une époque alternative (leurs mémoires passées sont effacées).

Xavier est mort. Les 4 mutants repartent en 2055 dans le futur de Bishop, pour pouvoir repartir en 1959 avant la mort de Xavier, mais leur futur a changé.Dans ce monde, Forge sert le Master Mold (la Sentinelle qui fabrique des Sentinelles). Master Mold se débarrasse de Fitzroy. Shard et Forge sont tués par Nimrod.

Moira soigne Morphe qui rejoint les X-Men. Une Sentinelle vole du matériel scientifique très avancé qui pourrait être utilisé contre les mutants. Les Sentinelles n’agissent plus pour le gouvernement mais pour le Master Mold. Les Sentinelles enlèvent Xavier, Gyrich et Trask pour qu’ils améliorent le Master Mold. Morphe détruit le Master Mold, et quitte les X-Men.

Moira aide Kévin à contrôler ses pouvoirs de mutants (il peut modifier l’aspect des gens et des objets, et infiltrer des corps). Mais Kévin refuse d’être aidé.Xavier repense à l’époque où il vivait avec Moira. Ils devaient se marier, mais Xavier part à la guerre, devient handicapé. Moira épouse Joe, puis ils divorcent. Moira a gardé son nom de mariage.

Joe ne veut pas que les gens sachent qu’il a un fils mutant. Kévin attaque son père. Kévin et Joe se réconcilient.

Magnéto attaque le siège de l’ONU, et annonce qu’il a fondé une station spatiale pour les mutants, l’astéroïde M. Magnéto va libérer les mutants de Génosha.Des mutants du monde entier rejoignent Magnéto, dont Amélia Voght, une ancienne compagne de Xavier. Fauve dit à Gambit que Xavier a perdu ses jambes durant un combat contre Magnéto, mais dans l’épisode précédent l’accent est mis sur la guerre.

Cortez veut que les États libèrent les mutants prisonniers sinon il bombarde la Terre.Amélia peut changer son corps en fumée. Amélia change d’avis sur Cortez car il va trop loin. Amélia découvre la vérité sur Cortez. Magnéto retombe sur Terre. Amélia dévoile la vérité à tout le monde. Les X-Men découvrent que Magnéto est vivant. L’Astéroïde M est détruit. Les mutants reviennent sur Terre. Cortez est sauvé par Apocalypse et Deathbird, la sœur de Lilandra.

En 3999 au Caire, des mutants dirigés par Cable attaquent la chambre régénératrice d’Apocalypse. Mais le tyran est là, et Apocalypse vole la machine temporelle de Cable. Pendant 5000 ans Apocalypse a été un tyran.Après l’épisode de 1959, Bishop repart en 2055, mais le voyage a un problème et Bishop reste coincé dans les couloirs du temps, et rencontre Bender, qui est là depuis 10000 ans.

Apocalypse enlève Oracle, une femme au service de Lilandra. Deathbird trahit Lilandra pour prendre le trône impérial. Xavier déduit que Apocalypse enlève des personnes avec de grands pouvoirs psychiques. Psylocke cambriole le château de Waren qui se met à sa poursuite.

Cable part dans le passé pour détruire la chambre de régénération d’Apocalypse. Mais le voyage échoue et Cable se retrouve à l’école des X-Men. Cable dit qu’en 3999 il a détruit la chambre de régénération d’Apocalypse, où il va tous les 100 ans. Tornade a grandi en Égypte où ses parents sont morts. Les X-Men vont en Égypte pour détruire la chambre de stase, et sont attaqués par les 4 cavaliers de l’Apocalypse. Apocalypse et Mystique ont piégé les mutants.

Les X-Men ont été envoyés en -1200. Apocalypse veut utiliser les mutants psys (dont Rachel Summers) pour contrôler le temps et créer un nouvel univers. Magnéto, Mystique trahissent Apocalypse car il va trop loin.

Jubilee's first Christmas with the X-Men doesn't go exactly as she expected, when she, Storm, and Wolverine become involved with a mission to save the Morlock child known as Leech.

Logan est tiraillé entre son passé tumultueux et sa place au sein des X-Men. Il décide de partir une fois de plus afin de retrouver la paix intérieure avec pour destination le Japon. Là bas, Serval est rapidement rattrapé par ses problèmes : un gang de loubars mené par le Samouraï d'argent terrorise les habitants et le monastère ou le X-Man a pris pension.

Alors que Logan est en plein isolement dans les montagnes Rocheuses, il est témoin de l'attérissage d'un vaisseau spatial vivant, un Acantis. Serval est attaqué par ses occupants : des extraterrestres belliqueux, les Broods. A l'Institut, Malicia est une fois de plus en mal d'amour, jusqu'a ce qu'elle reçoive un appel.

Scott va rencontrer à Skull Mesa le docteur Taylor Prescott qui a aidé la cause mutante, pour lui donner un cadeau. Il découvre que Solarr, un mutant a enlevé Prescott pour s’accaparer l’or de la mine. Les mutants se soulèvent contre Solarr.

Le professeur Xavier est malmené dans son sommeil et son double astral est tiraillé entre ses souvenirs et un adversaire inconnu. Son " cauchemar " le met en danger physiquement mais l'écho psychique se révèle être rapidement un vieil ennemi : le Roi des Ombres.

La Sorcière Rouge et Vif argent sont au chevet de leur père mourant. Dans ses derniers souffles, l'homme leur avoue qu'une créature mi-humaine mi-bête les a recueillis lorsqu'ils étaient bébés et que leur destin est profondément lié à celui de Magneto. L'enquête des jumeaux Maximoff les mène dans un pays lointain à la rencontre du Maître de l'Evolution.