Après trois mois que Booth a dû passer en prison, l'équipe de Brennan parvient à obtenir l'exhumation du corps d'un acteur clé de la conspiration au sein du FBI ; ils sont convaincus que l'homme a été assassiné parce qu'il prévoyait de tout révéler. À peine libéré, Booth reprend l'enquête, décidé à se venger.
Les restes de Sweets permettent de retrouver son assassin, qui est mort également. Grâce à lui, les dernières pièces du puzzle de la conspiration se mettent en place.